继发现地下建筑后，马耳他岛又陆续发现了另外一些石器时代的石制建筑。1913年，在该岛一个名叫塔尔申的村庄发现了巨大的石制建筑。经考古学家鉴定，这是一座约在5000多年前建造的庙宇。庙宇占地达8万平方米，是欧洲最大的石器时代遗址。站在这座庙宇的废墟面前，首先映入眼帘的是一道宏伟的主门，通往宽敞的厅堂和有着错综复杂走廊的各个房间。整个建筑布局精巧，雄伟壮观，好多个祭坛上都刻有精美的螺纹雕刻。
这种精心设计的巨石建筑遗迹在马耳他岛上不止一处。在哈加琴姆、穆那德利亚、哈尔萨夫里尼，考古学家们也发现了几座经过精心设计的庞大建筑物。它们都用石灰石建成，有的雕琢粗糙，有的琢磨光滑，有的建筑物的墙上有粉饰，有的则精雕细刻，各有特色。哈加琴姆的庙宇用大石块建造，里面发现了一些石桌，它们排列在通往神殿门洞内的两侧，有些石桌至今未能肯定究竟是祭台还是柱基。考古学家在神殿里还发现了多尊母神的小石像。这座建筑是最复杂的石器时代遗迹之一，许多谜团有待进一步考证。
穆那德利亚的庙宇又是另一番景象。它大约建于4500年前，由于建在海边的峭壁上，可以在上面俯瞰苍茫无际的地中海。它的底层呈扇形，是典型的马耳他巨石建筑的特征。那些大石块由于峭壁的掩护，很少受到侵蚀风化，保存得相当完好。
最令人感到神秘莫测的是名为“蒙娜亚德拉”的一座神庙。这座庙宇又被称为“太阳神庙”，它的结构很奇特，人们在惊叹之余又觉疑雾重重。一位名叫保罗·麦克列夫的马耳他绘图员曾对这座庙宇进行了仔细的测量，根据测量出来的数据，他提出一个惊人的假设：这座庙宇实际上是一座相当准确的太阳钟！保罗·麦克列夫指出，根据太阳光线投射在神庙内祭坛和石柱上的位置，可以准确地显示夏至、冬至等一年中的主要节令。而且，更令人震惊的是，这座神庙是在公元前10205年建成的，也就是说离现在已经1.2万年了。在那个遥远的年代，神庙的建造者居然有那么高深的天文学和历法知识，能够周密地计算出太阳光线的位置，设计出那么精确的太阳钟和日历柱吗？
不少学者的研究表明，马耳他岛上的巨石建筑的建造者们在天文学、数学、历法、建筑学等方面都有极高的造诣。这些庙宇有的本身就是可以判断节令的历法标志，有的甚至还可用作观测天体的视向线。另外还有人提出，这些庙宇能当作一部巨型计算机，准确地预测日蚀和月蚀。这是庙宇的真实面貌还仅仅是一种巧合？
马耳他石器时代的巨石建筑遗迹使人们对名不见经传的马耳他岛刮目相看，同时又疑窦丛生：石器时代的马耳他岛居民真有这么高的智慧吗？如果真是这样，那么他们是怎样获得这些知识的？为什么他们在其他领域却没有相应的发展呢？是什么原因激发了他们建造巨石建筑的热情？这些“知识”又为什么莫名其妙地中断了？这一切至今仍没有人能够圆满回答。